对士族的清理没有那么残忍，他们只是杀掉了那些各家的所有成年男子，男童和所有女子都只是为奴而已。等到袁宗第率领援军抵达汉城的时候，叛乱已经被全部清缴完毕。当然袁宗第的增援也并非无用，他的军队很快分散下去，对周边各地的士族进行清缴。
在叛乱被剿灭的第二天，执政府就发出了公告，声明城内士族本就是跟随旧王李倧的叛乱分子。光海君登位之后，双方矛盾日益尖锐，光海君准备将这些反叛者全部杀死，最终激起官员反叛。
叛军攻入王宫，杀死了光海君以下数百人，但驻军英勇作战镇压了叛乱，并诛杀所有主要叛乱分子，同时各地驻军开始请教叛乱余党，将他们全部镇压，为光海君报仇。弑君这可是大罪，就算是当年李倧发动宫廷叛乱，也不敢背这个骂名杀死光海君，而是将他弄瞎双眼之后流放，如今竟然有官员敢弑君，这个罪责就大了。
宋献策要的就是这样的效果，以协同叛乱的名义，各地民兵配合驻军展开了抓捕，整个朝鲜范围内的士族纷纷被抓捕。那些士族阶层平日里作威作福，很受各地百姓的仇视，如今他们遭到逮捕，立刻受到了当地百姓的拥护。
实际上朝鲜师从于华夏，一切律法都是照搬明朝的，作为最大罪行的弑君，是可以株连九族的。宋献策就利用这样的律法，开展了对整个朝鲜知识分子的阶层的大清洗。开始的时候收到牵连的是那些任职官员，毕竟他们与汉城大员们有联系的几率最大，但是很快打击面就变大了。
那些致仕官员多是现任官员的老师，而尚未当官的知识分子，则是那些官员的学生，这是一个庞大的关系网，以利于朝廷官员的新旧交替，而宋献策就恰恰利用了这个关系网。
老师和学生都在九族之列，他们很快也被圈入的打击范围，随着宪兵队的屈打成招，这些人为了减少痛苦，又招出了认识的人。对于这些被二次供认出来的人，宪兵队都加以甄别，那些有知识有文化的都被清理，而平民百姓则不予理睬。
打击叛国分子无论如何打击都会受到百姓拥护，这是皇权时代的特权之一，而就在这样的一场浩劫之中，宋献策完成了对整个朝鲜知识分子阶层的大清洗。随后宋献策以朝鲜王族被叛逆完全屠灭为借口，宣布将执政府作为朝鲜的最高统治机关，而他自任最高执政，同时全国实行军管，由政府派出的官员与当地驻军共同管理事务，直到新的政府被搭建起来。
利用军民混合治理的方式，宋献策以最少的官员投入，暂时稳定了朝鲜的局面。他同时取消了谚文，在整个朝鲜全面铺开华夏文教育，将这里的所有百姓全都融入到华夏之中。
依靠这样的普及教育和宣传，宋献策达到了灭亡朝鲜民族的目的，等到那些上学的孩子成为朝鲜新一届的知识分子，他们将会只认同自己是华夏人是大明人，却不会想到朝鲜还是一个国家。当这些孩子成长起来，宋献策才可以解除军管，让他们组成政府，到时候朝鲜将恢复正常，并永久的并入华夏。
并不知道朝鲜正在发生翻天覆地的变化，此时的朱聿键正在为袁崇焕的事情而焦头烂额。这天早朝在六部例行公事处理完之后，刑部尚书韩继思出班道：“启禀皇上，明日即是昭喻斩首袁崇焕之日，未知圣上意下如何？”
“皇上，袁督师乃是国之栋梁，不可轻斩啊。”朱聿键听得心急连忙躬身施礼道：“此人对辽事颇有建树，是个不可多得的人才，如果此人一去，是去建奴一心腹大患。”
“放肆。”崇祯气得直拍桌子，这几天只要提到袁崇焕，朱聿键就会出来说道一番，仿佛皇帝要处决袁崇焕就是昏君一般，气得崇祯好几次与他发生了冲突。如今皇太极已经退走十日有余，这让崇祯斩杀袁崇焕更加肆无忌惮了。
“皇上三思，袁督师之才不可多得，如无袁督师坐镇，何人可以驻守辽东？”朱聿键却是丝毫不让。
就在这个时候，一名太监快步走入大殿跪下道：“启禀皇上，天津卫传来捷报。”
“天津卫有什么捷报？”崇祯皱了皱眉。等到太监呈上奏折，他的眉头立刻就舒展开来。
“天津卫下辖大沽百户所百户叶永刚奋勇杀贼，不但挡住了进犯的建虏偏师，还消灭建虏多达八千人，其中更是有巨贼代善，真是可喜可贺啊。”崇祯笑着将奏折展示给诸多大臣看。
刘体纯不希望被兵部可能来查验的人发现端倪，所以在打扫战场之后才让叶永刚报捷，所以晚了几天，结果却在这个节骨眼的时候，将捷报送到了。
听说是大沽百户所，朱聿键就估计这里面有刘体纯的事情，估计整个仗多半也是大沽寨守备团打得。这条消息本来没有问题，可是在这个时候到来却坚定了崇祯的决心。
等到大臣们纷纷称贺之后，崇祯笑着将奏折在朱聿键面前抖了抖说道：“王兄你看如何？我大明朝名将如云，何惜区区一个袁崇焕。有如此能三百破一万的勇将，何愁辽东不平。”
“来人啊。”朱聿键说道：“特令兵部立刻派人前往查验战果，如果属实叶永刚即可升任参将，调往山海关听用。。”
“臣领旨。”新任兵部尚书梁廷栋连忙上前听令。
“皇上，袁督师……”朱聿键还想再劝，却被崇祯直接打断了。
“此事无需再议，明日午时开刀问斩。”崇祯最恨的就是背叛他的人，而现在袁崇焕的背叛似乎是证据确凿，这让他听不进任何求情的话。
“臣愿以项上人头担保袁崇焕并未叛明，还请皇上收回成命。”朱聿键也是个倔脾气，尤其袁崇焕是他在明末最为敬重的英雄，他是断然不会眼看着袁崇焕去死的。