再加上当时朝廷所推行的“卫所制度”和“屯田制度”，大量中原内地南征部队留驻，高土司统治的范围被逐渐排挤，缩小到了少数民族聚居山区，半山区，河谷地带和部分坝区。
本来“改土归流“的目的是“驾驭束缚，藉此招徕，使其接受正朔，不致叛乱，逐步做到不战而降，不削而弱。
“然而当时吏治不清，流官中饱私囊，加之土司的剥削极为残酷，使得当时的少数民族边民生活极为艰难，故在土司所统治的少数民族地区暴乱不断。
到了清乾隆年间，川，黔一带贫苦农民因受官府地主压迫，失去产业，来到此地帮工，或佃耕，或行商，或开办作坊。
有的积蓄银两，向土司购买土地，居住下来。
到了嘉庆年间(1796—1820年)，高土司出卖土地越来越多，因而使一部分傈僳族，傣族农民无田可耕。
这最终导致了道光元年的唐贵起义，这次起义规模很大，世居于当地的傈僳族，傣族，彝族青壮年男子大都参加了义军。
最终，清政府动用贵州，四川和云南共3万多官军(当时云南全省一共只有3万多官军)才将此次起义镇压。
镇压此次起义仅从云南藩库的提银就达135万两，而当时云南实征的税银只有12万两。
此次起义，云南提督张凤等多名官员被撤职，土司高善被处斩。
此次起义后，清政府在永北直隶厅增设了旧衙坪经历署，派流官镇守。
并规定土司永远不准再出卖少数民族耕种田地。
光绪十九年(1893年)，永北又爆发了针对高土司的丁洪贵起义，此次起义，土司高履坤被杀。
光绪二十五年(1899年)，末代土司高长钦承袭土司职位。
毗时，永胜的流官已经掌握了权力，高长钦的土司职位已经成了虚职。
原来属高土司管辖的地区已经不再向他们交租，他们的税赋由朝廷流官领导下的政府直接收取。
尽管这样，土司的职位还是得到了保留。
高土司历史的终结终于一场关于寺院租金的官司。
当时的永胜县城里寺院比较多，比较有名的有灵源寺，无垢庵，宝积殿等。
这些寺院一直由高土司家管理，其中店铺的租金也由高土司家收取。
随着高土司家权势的减弱，租金的归属问题争议越来越大，最终导致了一场官司。
后来，这场官司打到了县府，判决结果为寺院为公有财产，高土司家不再收取租金。
由于高长钦在讯堂上出言不逊，当时的流官杨厅丞给省府写了一份报告，要求对高土司家彻底改土归流。
光绪三十四年正月二十二日，时任云贵总督锡良上奏朝廷:“云南永北直隶厅属北胜土知州高长钦，骄奢淫逸，暴戾恣睢，苛虐夷民，迭被控告，查北胜土州地方，关系紧要，前经奴才奏请改流，并声明仍留土州原衔，准予世袭在案现袭土州高长钦既属苛虐不职，未便稍事故容相应请旨斥革，仍照改流原案，准其另楝夷众悦服之人，承袭职衔，以示体恤。”
光绪三十四年(1908年)二月，朝廷“以暴戾恣睢，革云南北胜土知州高长钦职。”
至此，曾经权倾四方的高氏土司的历史正式终结。
末代土司之女高玉柱
同时，说到高氏土司，还不得不提一下的是其中的后代之一高玉柱。
高玉柱为末代土司高长钦之女，出生于1906年，年幼时，家中设有私塾，高玉柱从小聪明伶俐，才智过人，诗词歌赋，琴棋书画，跃马狩猎，无不熟悉。
时人称为滇西才女，闺中俊杰，其所着诗词，绘画甚多，今仍有部分在民间流传。
从1936年开始，高玉柱和云南少数民族喻杰才以西南沿边土司，夷苗民众代表的身份在南京共进行了数次请愿活动，请愿期间，高玉柱受到了当时很多政府要员和社会名流的接见。
在南京和上海期间，高玉柱在电台，大学，学术交流会等场所进行了大量的演讲，《中央日报》，《申报》和《北洋画报》等媒体对她的活动进行了报导，《边事研究》，《西南评论》等刊物也对他的请愿活动进行了报导和评论。
1938年l2月，高玉柱与岭光电，杨砥中等人又申请成立《西南边疆民族文化经济协进会》，并获得批准。
1940年秋，高玉柱和喻杰才在贵州的毕节发起组建“西南夷苗民族解放大同盟”，提出了大同盟关于开发西南夷苗民族地区政治，军事，经济，文化建设的四大方案。
后来，“大同盟”被诬蔑为是“夷苗民众组织暴乱”，被贵州省政府下令取缔。
1942年初，她被国民政府任命为西南边疆宣慰团少将团长，对云南，贵州，广西，西康等省的土司和少数民族头人宣传民族团结，巩固边疆，一致抗击日本帝国主义的侵略。
高玉柱1942年病逝，虽然她未曾做过土司，但高玉柱以土司的身份进行的活动在民国期间的影响力远远超过了一个普通的土司，她对中国西南少数民族民族意识的唤醒起到了非常重要的作用。
总之，高氏土司的兴衰和中国土司制度的变迁息息相关。
高氏土司的每一次重大转折点的出现看似偶然，其实都和中央王朝的“改土归流”有着直接或者间接的关系。
当然，已经说到民国时期了，的确，其实改土归流并不是古代封建王朝的事情，在那时并没有彻底完成，是一直到民国时期，才彻底完成。
的确，这是真的，清朝时期虽然进行了大规模的改土归流，但是并没有彻底完成，还有一些遗留下来的，算是封建残留吧。
所以到了后面的民国时期，也进行了一些更彻底的改土归流措施，才消除这种封建残留。
举个简单例子，在民国时期，云南边疆执行实际管辖的土司为政府所关注，云南地方政府陆续实施了若干改土归流措施，因此，还保留较为完整的南甸宣抚司也在改流的冲击下发生了巨大变化。
云南边疆民族地区的改土归流，早在明代已见诸史籍，清初，中央政府在巩固对云南边疆统治的过程中，乘机在某些地区实行了改土归流。
雍正四年(1726年)，清政府任命鄂尔泰为云南巡抚兼总督事，在云南推行了规模巨大的改土归流。
但由于云南边疆民族地区社会，经济发展水平极不平衡，清政府的统治势力还不够深入，环境较为恶劣等因素，鄂尔泰提出以澜沧江为界，“江内宜流不宜土，江外宜土不宜流“…
于是，改土归流只在澜沧江以东推行，地处“江外“边疆的南甸宣抚司不在改流之列。
其后的乾，嘉两朝基本上着力于进一步巩固江内的流官政权，江外则维持土司统治。
继后，全国形势动荡，西南边疆政局也处于飘摇之中，晚清政府疲于应付，既不能也不愿大规模实行改土归流了。
南甸宣抚司得以延存至中华民国。
中华民国诞生后，土司制度仍在运行，这不仅与“三民主义“相违背，而且直接阻碍着国民政府在边疆统治的深入。
国民政府开始对全国行政建制进行了大规模的改组，云南边疆管理机构也随之进行了重组。
尤其是1912年英国殖民者进侵片马，滇西发生了边疆危机，加强边疆的统治成为当务之急。
在此背景下，改土归流再次为各方所关注。
卯遮弹压兼交涉副委员周谟提出，以驻防该地的国民军为后盾，“密知各营管带，通令各司改流……除南甸，干崖，遮放，猛卯稍有兵力，余则摧枯拉朽耳。”
云南都督府驻大理的迤西国民军总司令兼第一师师长李根源-“上经营土司急进，缓进二策“，建议实行改土归流。
不过大家知道，在民国初年，政局动荡，中央政府根本无暇顾及边区的改流。
云南政府根据李根源的建议，决定“从其次议，谓急于改流，转多顾虑不若为之更化善治，以守潜移默化之功。”
于是1912年，云南都督府在南甸宣抚司设八撮县丞(附属于腾冲县)，民国时期南甸宣抚司的改土归流艰难地启动了。
当然，需要说明，在改土归流前，南甸宣抚司制度可是十分完备。
不过，在这之前，还要给大家讲解一下民国时期的土司，在民国时期的土司的话，和之前的封建王朝相差不多算是该境内最高的政治，经济，军事长官，有绝对的独裁权。
土司之下设等级不同的属官，分别领有土地和管理权。
同时，为了更好地统治自己的辖地，土司们还都建立起严密的组织结构形式。
大体表现在以下几个方面，首先是，政权机构组织系统。
正印土司官，一人，世袭，为最高的政治，经济，军事，以至宗教上的领袖，其身份恰如帝制时代之君主。
遇正印土司官出缺，或年幼不能理事时，由其亲属中之一人，出来代为总揽政权。
代办在摄政期间，相当于摄政王，一切权力与享受，完全与土司相同。
其次是护印，护理护印由正印土司同胞兄弟中年纪最大的一个充任，协助土司处理公务。
护理在无正印土司只有代办时设置，是由代办的同胞中年纪最大的一个担任，其职权与护印同。
再次，是猛，准，印三级属官，构成衙门中当权的贵族集团。
倘若把土司比作封建帝王，则族官便是受封的公，侯，伯，子，男诸爵;若把土司比作大诸侯，则族管便是境内的卿大夫，地方职官就是各村寨头人。
当然，也不尽然，像是傣族寨就为田亢头，田亢尾，老幸，头人，客长，汉族寨为练绅(相当于田亢头)，村长。
土司衙门专门设有一整套办事制度，统称为“三班六房“，即三堂班，承堂班，亲兵班，门房，差房，茶房，书房，账房，军装房。
这种政权组织系统并非很复杂，下属皆以土司之命惟从，当职人员又熟知职责所在，所以在正常情况下，还是能够十分顺畅办理事务的。
军事结构土司拥有土兵，分为两种形式:1土司衙门的亲兵。
这是经土司授权后，为维护地方的社会安宁，边疆的稳定，保卫衙门及镇压属民反抗等而设立的组织。
亲兵直属土司指挥，平时担任衙门和司官官宅的守卫，战时随土司出征。
如1903年，南甸土司刀定国制造的“小邦杏惨案“就是操纵120名土司兵完成的。
可见，土司兵数量不菲。
其次是各民族义务兵，这是由当地各族百姓中的男子担任，每户都有义务兵，平时耕种，遇战事要自带武器粮食随同土司出征。
并且，土司还有霜降操练的传统。
法律，教育制度，土司是其辖地法律的最高体现者，所有的法律条文都集中体现了土司的利益和要求，属民的生命完全由土司主宰着。
土司衙门差房内专门设有监狱和各种酷刑，至今南甸司署保留下来的血孔铡刀就是明证。
属民被施刑后，还要被迫交纳“棍子钱““链子钱“等。
明朝严格规定“以后土官应袭子弟，悉令入学，渐染风化，以格顽冥如不入学者，不准应袭。”
1661年，顺治朝规定，“滇省土官子弟就近各学立课教诲“。
清代至民国，南甸司署内均设塾馆。
因此，土司及子弟一般都接受了汉儒教育。
土司垄断教育，在其属地不仅不推行教育，还对那些主动接受教育的属民加以非难。
属民，尤其是傣族平民在民国以前是没有接受教育的权利的，傣族男子只有在进佛寺当和尚才能学到傣文，女子更无从谈及受教育了。
而南甸宣抚司级别较高，拥有人口较多，实力雄厚，辖地广阔，在滇西十土司中占有十分重要的地位。
南甸宣抚司使龚绶以“十司领袖“自居，其实力和影响在滇西土司区是首屈一指的，统治尤为牢固，其制度在民国以前也较为完整。
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